Le Radici del Cielo ha inizio a Roma nel 2033, una città ormai morta fatta solo di rovine; I suoi abitanti non sembrano ormai avere più niente di umano; Alla periferia di Roma vivono i resti della Chiesa cattolica; Nelle catacombe di San Callisto vivono un centinaio di persone dello Stato Vaticano in una situazione di confusione e perdizione;
Il Papa é infatti morto e il potere sembra ormai prendere quasi del tutto verso la parte laica di questa comunità; La famiglia Morii sembra infatti essere vicina alla piena detenzione del potere, una famiglia spietata e senza scrupoli; Il cardinale Ferdinando Albani é riuscito ad ottenere da questa famiglia il permesso di effettuare una spedizione a Venezia; All'interno della basilica di San Marco sarebbe infatti disponibile un tesoro di inestimabile valore che il cardinale vorrebbe portare a Roma;
In realtà però il cardinale Ferdinando Albani ha tutt'altro in mente; Sembra infatti che a Venezia viva il patriarca della città; Riuscire a portare il patriarca a Roma significherebbe poter di nuovo convocare un concilio per eleggere un nuovo Papa e fare in modo che il potere non vada nelle mani delle persone sbagliate; Per riuscire in questa impresa il cardinale convoca John Daniels, un sacerdote americano che si trovava proprio a Roma il giorno della distruzione dell'intera città;
John Daniels decide di seguire il cardinale in questa segreta missione.
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